Parece deber cubillas su nombre o topónimo a “Cova” o cueva, lo que nos corrobora su ubicación en un lugar excavado en una colina.
Ya estuvo poblado este pueblo en época muy temprana pues ahí nos lo confirman los hallazgos arqueológicos prerromanos y romanos encontrados en su término. Romano es la figura de un Mercurio de bronce que se halla depositado en el Museo (arqueológico) de Palencia.
Fue fortificado el lugar entre fines del siglo IX e inicios del X, en concreto, en la colina “El Castillo” como su nombre indica y luego repoblado el lugar y ser rodeado por una muralla.
Cerca se levanta el poblado de Grijalba o “iglesia blanca” lo que indica ya había aquí una iglesia en la Alta Edad Media, pero al quedar despoblado en el siglo XVI pasó a ser ermita: Ntra. Sra. De Grijalba.
A mediados de este siglo XVI pertenecía Cubillas a Fernando Sandiez de Valladolid que le recibió de Alfonso XI y el Maestre de Santiago.
Poco después, a mediados del S. XV, el consejo de cubillas era lugar de abadengo perteneciente al monasterio de Santa Clara de Astudillo.
En la mitad del siglo XVIII ya esta villa cerrateña era lugar de señorío perteneciente al Duque de Medinaceli, siendo su población de 104 vecinos.
Su iglesia parroquial, con advocación a Santa María, fue construida el en el siglo XII, lógicamente de estilo románico e introduciéndose en el S. XIII el estilo mudéjar. Se realizaron diversas obras en el siglo XIV y XVII, en el primero góticas. En el lado del Evangelio conserva una escultura de la Virgen del Rosario (XVI), y otras del S. XVII así como su retablo barroco y otro retablo de primeros del S. XVII.
El retablo mayor del Presbiterio es renacentista, de finales del S. XVI, y con diversas pinturas y esculturas: éstas de S. Bartolomé (XVI) y la Virgen con el Niño, gótica hispanoflamenca de la 2ª mitad del XV.
El retablo renacentista del lado de la Epístola conserva una buena escultura de San Sebastián de mediados del S. XVII y otro retablo, éste barroco.
Se distingue por una pintura alusiva a la aparición de Cristo a Santa Teresa, de finales del XVI y del estilo de Gregorio Martínez.
Cubillas tuvo en su día cinco ermitas que advocaban a San Martín (románica), Ntra. Sra. De Grijalba, S. Cosme y S. Damián, Santa Columba y San Esteban.